jenkins が停止していますが PID ファイルが残っています

プロセス ID の管理ファイルは通常停止すれば削除されます。
但し、Jenkins 再起動時に サーバそのものを再起動させたとか、
野暮なことをすると Jenkins おじさんが怒ります。

対策 1

PID が素直に残っているのであれば
Jenkins PID ファイルを削除

$ sudo rm /var/run/jenkins.pid

対策 2

PID が存在しない、という場合には
以下ディレクトリにアクセス権限がないパターン

• /var/log/jenkins
• /var/cache/jenkins

chown / chmod で所有者・パーミッション変更してアクセス可能な状態にしましょう。